Berlawanan dengan studi kasus-kontrol yang memulai dengan identifikasi efek, pada penelitian kohort yang diidentifikasi lebih dahulu adalah kausa atau faktor risikonya, kemudian sekelompok subyek (yang disebut kohort) diikuti secara prospektif selama periode tertentu untuk menrntukan terjadi atau tidaknya efek. Pada penelitian kohort murni, yang diamati adalah subyek yang belum mengalami pajanan faktor risiko yang dipelajari serta belum mengalami efek.
Sebagian subyek tersebut secara alamiah akan mengalami pajanan terhadap faktor risiko tertentu, sebagian lainnya tidak. Subyek yang terpajan faktor risiko menjadi kelompok yang diteliti, sedang subyek yang tidak terpajan menjadi kelompok kentrol. Dalam keadaan ini, oleh karena kedua kelompok berangkat dari populasi yang sama, maka biasanya keduanya sebanding (comparable) kecuali dalam hal adanya pajanan terhadap faktor risiko. Kedua kelompok tersebut kemudian diikuti selama masa tertentu, untuk kemudian ditentuka apakah telah terjadi efek atau penyakit yang diteliti.
Studi Kohort
Hasil pengamatan studi kohort juga disusun dalam tabel 2 x 2, dan dapat ditentukan insidens terjadinya efek pada kelompok terpajan dan kelompok kontrol. Selanjutnya dihitung risiko relatif atau risiko insidens, yakni perbandingan antara insidens efek pada kelompok dengan faktor risiko dengan insidens efek pada kelompok tanpa faktor risiko. Risiko relatif menunjukkan besarnya peran faktor risiko terhadap terjadinya penyakit; bila risiko relatif = 1 maka faktor yang diteliti bukanlah merupakan faktor risiko, nilai yang lebih dari 1 menunjukkan bahwa faktor tersebut merupakan risiko, sedangkan nilai yang dari 1 menunjukkan bahwa faktor yang diteliti tersebut bersifat protektif. Dalam menilai hasil risiko relatif harus pula diperhatikan interval kepercayaannya.
Selain studi kohort prospektif juga dikenal studi kohort retrospektif. Pada desain ini peneliti mengidentifikasi faktor risiko dan efek pada kohort yang terjadi di masa lalu (penelitian disebut rerospektif bila pada saat penelitian dilakukan outcome yang diteliti sudah terjadi). Analisis yang digunakan sama dengan pada studi kohort prospektif. Kesahihan hasil studi ini bergantung pada kualitas data pada rekam medis atau sumber data lain. Seperti pada studi kohort prospektif, baik faktor risiko maupun efek yang diteliti harus diidentifikasikan dengan jelas. Salah satu kelemahan studi kohort retrospektif ini adalah terdapatnya kemungkinan bahwa berbagai pengukuran yang dilakukan pada masa lampau tidak memenuhi standar, karena data yang ada adalah data pelayanan, data penelitian.
